حسب تقرير لصحيفة نيويورك تايمز في نوفمبر 2000 نقلا عن مصادر استخبارات أمريكية، سافر علي محسن إلى أفغانستان بثمانينيات القرن الماضي للاجتماع بأسامة بن لادن.
وساعد في تجنيد مقاتلين من مختلف أنحاء العالم الإسلامي للمشاركة في الصراع في أفغانستان. وكان يشتبه باللواء الأحمر بأنه كان يقوم بنقل ما يسمى بالمجاهدين الأفغان العرب من أفغانستان إلى اليمن، أولئك المتشددين الذين لم يعد لهم موضع ترحيب في بلدانهم الأصلية.
كما يذكر التقرير نفسه “استخبارات يمنية وغربية قالت للصحيفة أن اللواء الاحمر كان مسؤولا عن إدارة أموال قدرها 20 مليون دولار كان بن لادن منحها للمساعدة باستيطان المقاتلين الأفغان باليمن.
وأضافت الصحيفة ان علاقات اللواء الأحمر مع الإسلاميين المتطرفين قد توطدت من خلال زواجه بشقيقة طارق ناصر الفضلي، مقاتل متشدد بارز من الأفغان العرب المشتبه بتزعمه الخلية التي وقفت وراء إحدى أوائل الهجمات الموثقة التي نفذها تنظيم القاعدة وهي المحاولة الفاشلة لتفجير فندقين كانت تنزل فيهما القوات الأمريكية التي كانت في طريقها إلى الصومال في ديسمبر 1992.
وتابعت “كانت علاقات علي محسن الأحمر مع جماعات إرهابية ومتطرفة قدجاءت تحت الأضواء في عام 2005 عندما ذكر سمه في سلسلة من التنصتات على مكالمات هاتفية قدمت كدليل في محاكمة تتعلق بالإرهاب في نيويورك عام 2005.
وتقول الصحيفة إنه في اجتماعات تم تسجيلها خلسة على شريط فيديو في غرفة فندق في فرانكفورت في أوائل عام 2003، ناقش رئيس “مؤسسة الأقصى الدولية” في اليمن الشيخ محمد المؤيد، ومساعده الشيخ محمد الزايد، إمكانية الحصول على أقراص مدمجة عن “تقنيات التدريب العسكري” بواسطة اللواء الأحمر لأغراض تدريب المجندين الإرهابيين.
وعلق الشيخ المؤيد بقوله أن بإمكانهم البحث عن ضابط يمني كان قد شارك في دورات تدريب عسكرية في الخارج، مضيفاً “سنسأله إذا كان لديه أقراص وما لديه ليقدمه في مجال التدريب. بالإضافة إلى ذلك، نظر المؤيد في فكرة قيام الأحمر بشراء مثل هذه المواد التدريبية تحت اسم سربه العسكري، ونسخ تلك المواد لغرض تدريب الإرهابيين”.